Les derniers survivants de l’humanité vivent dans un train en perpétuel mouvement. Les occupants de ce dernier sont séparés en classes et, bien que Melanie Cavill (Jennifer Connelly) qui appartient à la première classe, et est la voix du train, est fascinée par ceux qui sont tout en bas de l’échelle, ceux-ci doivent être tenus à leur place. Une rébellion menée par Andre Layton (Daveed Diggs) prend alors forme et tout le système est remis en question.
La saison 3 reprend avec Layton qui est désormais avec son équipe à la tête d’un train pirate à la recherche de Melanie et d’un possible endroit assez chaud pour redémarrer à zéro. À bord du Snowpiercer, Mr. Wilford renforce sa position de pouvoir, en attendant le retour de Layton.